一言でいうと、不正な方法を行なわずに、”多くのひとに見てもらう努力をすること”なのです。
多くの人に見てもらうには、どうすればいいか？を考えてみましょう。

１．魅力的なコンテンツが必要。
２．より多くのサイトで紹介してもらうこと。（被リンクが多いこと。）

が大事なのです。
１の魅力的なコンテンツであるためには、コンセプト、伝えたものがわかりやすいことが必要です。それは、きっとキーワードが入ったものになります。
そして、２の多くのサイトで紹介してもらうには、プレスリリースを行なう、Yahoo,Goo等のポータルサイトにディレクトリ登録することが必要でしょう。そして、インターネット広告を出せば、広告先からリンクがはられることでしょう。
このように、”多くのひとに見てもらう努力をすること”を頑張ればうまくいくのです。

相互リンクは、２と理解され、お互いサイトを紹介しあいましょうね？ということなのです。ここで、相互リンクをTOPページにおかれているサイトを多く見かけますが、これは、自分の商売をやっている最中に”仲間の商品（サイト）を紹介している”ようなものと考えられます。
通常の商売と考えるとどうすべきか？はわかると思います。

このように、考えれば、中小の検索エンジン登録の意味もわかりますね・・・・

まずは、コンセプト（キーワード）とコンテンツ作成から頑張ってみてください。